Имеется задолженность по земельному налогу

Имеется задолженность по земельному налогу, может ли налоговая отказать в налоговом вычете на квартиру?

 

Нет, не может.
Во-первых, наличие задолженности само по себе не может быть основанием в отказе использовать налоговый вычет. Это законом не предусмотрено.
Во-вторых, статья 78 Налогового кодекса установила определенные правила возврата, в том числе и как учитывается наличие задолженности по одному налогу при возврате переплаты по другому. По этим правилам налоговая, производя возврат, должна проверить наличие задолженности по другим налогам. Если она есть по налогу того же типа, делается зачет в погашение долга, а остаток переплаты — возвращается.
Важно здесь уточнение — задолженность зачитывается только в том случае, если она числится по «налогу того же типа».
Земельный налог, по которому у Вас задолженность, — местный.
Налог на доходы физических лиц (а это именно по нему будет возврат при применении налогового вычета на приобретение недвижимости) — федеральный.
Они — разного типа. Следовательно, даже зачет в погашение долга между ними невозможен в принципе.
Значит, наличие долга по земельному налогу никак не повлияет на возврат.